El Death Egg del Dr. Eggman (también conocido como Dr. Robotnik) fue destruido de nuevo por Sonic, teniendo que realizar un aterrizaje forzoso en la cima de un volcán en la Isla Flotante.

El Dr. Eggman todavía sigue en libertad, y Sonic no puede permitir que ponga sus manos sobre la Master Emerald y repare el Death Egg. Sonic también deberá mantener a raya a Knuckles, que tampoco está falto de problemas. Como guardián de la Isla Flotante y de todas las Emeralds, Knuckles también deberá hacer todo lo que pueda para mantener la isla a salvo. Mientras ellos dos se enfrentan, ¿quién detendrá al Dr. Eggman?